Фауна в заповедной зоне действительно уникальна. Это и стало одной из причин создания заповедника и включения его в список природного наследия ЮНЕСКО. Территория заповедника — место произрастания 667 представителей растений, а также 215 видов мхов, 793 – лишайников и 264 —грибов.
Не менее уникальна и местная флора, значительная часть из которых также внесена в Красную книгу России. Это такие распространенные виды растений, как ива, лук, хвощ, осока и лапчатка. Настоящим чудом заповедника считаются альпийские луга, которые поражают воображение обилием цветов и красок. Среди всех видов растений биосферного заповедника особенно выделяются пёстрые желтики, целебный иван-чай, лимонные огоньки, изумрудные лишайники.
В летние дни украшением альпийских лугов служат полевые цветы.
Млекопитающие здесь представлены 56 видами, а птицы — 161 видом. Следует ещё добавить трёх представителя семейства пресмыкающихся, двух земноводных и шесть разновидностей рыб.
Тут можно встретить разнообразную фауну, характерную для северной тайги. Здесь можно увидеть глухарей, соболей, пищух и, возможно, даже маралов, которые предпочитают пастись на сочных альпийских лугах. Еще тут живут манулы, зайцы, волки и другие животные. Конечно, нельзя не упомянуть бурых медведей, которых в заповеднике очень много. Здесь медведи — постоянные обитатели, важно соблюдать осторожность.
На территории заповедника отмечено 7 видов млекопитающих и 16 видов птиц, внесенных в Красную книгу. К редким и исчезающим видам относится снежный барс. Его изображение находится на эмблеме заповедника.
Другими редкими видами животных, обитающих здесь, считаются беркут, могильник, журавль-красавка. Заповедник стал местом охоты и обитания для такой птицы, как сокол-сапсан. Орнитологи считают его особенным, ведь эта птица является самой быстролетающей в мире среди прочих видов. Во время охоты при выслеживании добычи она резко пикирует вниз, развивая при этом скорость более 300 километров в час.
Еще одним редким исчезающим видом считается черный аист, который гнездится преимущественно в наиболее охраняемой зоне заповедника. Всего же на заповедной территории и рядом с ней выявлено более 150 видов птиц, 20 из которых относятся к редким или находящимся на грани исчезновения. 80 видов гнездятся на территории заповедника, проживают и охотятся здесь постоянно. Все остальные виды птиц считаются пролетными.
Единственное, чего здесь мало, так это рыб - их всего 6 видов.
Интересно, что из-за сурового высокогорного климата и по причине, что снежный покров на некоторых участках не сходит большую часть года, в заповеднике обитают всего два представителя земноводных и три вида пресмыкающихся — щитомордник, гадюка и живородящая ящерица.